单纯对胃进行检查的话，PETCT检查不能代替胃镜，因为它们的作用原理是不一样的。胃镜是可以直观的看到胃的具体情况，直接找到病变部位；而PETCT检查主要是用于检查肿瘤有无全身转移的。PETCT对于那些肿瘤标志物升高者，阳性检出率及诊断正确率相当高，对癌转移的判断较高，可以协助肿瘤分期及治疗方案的选择。
在原发灶诊断方面由于消化道内存在较多的正常或非肿瘤因素FDG摄取，容易造成假阳性。对于消化道息肉和恶性肿瘤，如果息肉无典型形态学表现或恶性肿瘤未侵及管壁，PETCT很难将二者区别开来。早期表浅的肿瘤以及部分含黏液成分较多的肿瘤因FDG摄取较少，容易呈假阴性。故对于消化道肿瘤，与胃镜相比较，PETCT在这方面并无优势，特别在早期肿瘤的诊断方面，更多需依赖胃镜。但对于胃镜暂不能到达区域，如小肠，PETCT有很好的效果。
对于不知道如何选择PETCT还是胃镜的患者来说，可以根据以下方法，如果怀疑有消化道肿瘤，可以先行胃镜或者肠镜检查，确诊之后可以行PETCT检查。以协助肿瘤分期及治疗方案的选择，治疗之可以再行PETCT以观察疗效，后期则以PETCT结合胃镜复查。
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