PET-MR仪不同于PET-CT仪，主要是CT与MR的不同。虽然CT可以直接观察肿瘤的部位、大小、数目、形态、肿瘤内出血、坏死、囊变和钙化及肿瘤周嗣水肿的情况，肿瘤与正常组织密度差异较小时还可以通过注射对比剂后扫描使肿瘤信号发生强化，从而提高肿瘤的检出率，并可根据肿瘤的形态、部位以及强化特点推断肿瘤的可能类型和性质，为手术提供可靠地依据，但是相对于CT，MR有更好的软组织对比度，能够清晰显示脑部、腹部器官和肌肉骨骼系统，而且，一般不需要注射对比剂就可以得到清晰的图像，不用担心造影剂对所研究组织产生的不良反应。
对于PET-CT，要达到显像所需分辨率和显像的对比程度，人类或者实验动物都必须接受CT必要的辐射剂量，这样在很大程度上会影响自身的免疫系统，增加肿瘤发生的危险。与CT不同，PET-MR中的MR对人和动物没有辐射损伤。PET-CT系统只是PET和CT硬件系统之间的融合，不能采集到同时显像的数据，这样就很可能使图像失真；而PET和MR并不是简单的硬件系统的融合，而是两个系统软件之间的融合，所以图像的获得可以达到同时性，使PET．MR的配准更加准确。MRI有着非常灵活的扫描技术和多功能成像技术，包括磁共振血管造影、弥散加权成像、MRS、灌注成像、血氧饱和水平监测、脑功能成像等，这些技术与PET结合，就可以得到更多的组合方式，可以有效检测各种肿瘤的分期和进展速度，尤其是与血流相关的脑部肿瘤显像13矗101，提高临床的诊断价值。例如，将-H．MRS与-8F—FDG结合起来，可以更好的判定胶质瘤的临床分期分级。
PET-MR设备不仅是同机硬件系统之间的融合，也是将解剖、功能、代谢与多参数序列软件系统之间的融合，所以在不远的将来，PET-MR系统会成为最有前景的影像学技术。
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